O Tribunal de Contas da União (TCU) identificou 102 contratações pelo Sistema S de empresas que têm como sócios dirigentes ou funcionários das entidades do próprio Sistema, o que é proibido pela Lei das Licitações.   Os dados analisados apontam que três unidades de Santa Catarina tiveram o maior número de contratações irregulares: o Senai-SC com 14 ocorrências, o Sesi-SC com 9 e o Senac-SC com 8.  Por entidade, foram detectados 22 casos irregulares no Senac; 24 casos no Sesc; 30 no Senai; 14 casos no Sesi; 5 no Senar; e 6 no Sebrae. 

A maior parte das justificativas apresentadas pelas entidades apontou problemas nos mecanismos de controle, que não teria identificado que os funcionários ou dirigentes faziam parte do quadro societário da empresa contratada. 

As auditorias do TCU, realizadas no período de 2019 a 2021, detectaram também a contratação de parentes de dirigentes para ocupar os empregos nas entidades do Sistema S. Foram identificados 1.370 casos de relação de parentesco entre empregados do Sistema S. Ao analisar a nomeação de parentes de dirigentes para o quadro de funções de confiança, que na jurisprudência caracteriza a ocorrência de nepotismo, foram constatadas nomeações irregulares no Sesi-PB, Senai-PB, Sesi-PI, Senai-PI e Senat. 

Considerando que as justificativas apresentadas não foram suficientes para sanar os indícios de irregularidades, o TCU alertou as entidades para que cumpram as leis internas do Sistema S as previstas na Constituição Federal que tratam da proibição de admissão de parentes e da celebração de contratos que tenham  em seus quadros societários membros, efetivos e suplentes, das entidades integrantes do Sistema S, ou cônjuge, companheiro ou parente em linha reta, colateral ou por afinidade, até o terceiro grau.