A força-tarefa da Operação Greenfield, do Ministério Público Federal, acionou na Justiça os ex-deputados Eduardo Cunha e Henrique Eduardo Alves por improbidade administrativa por supostos desvios de recursos do Fundo de investimentos do FGTS. 

Segundo os procuradores, em reportagem publicada pela revista Veja, houve enriquecimento ilícito e atos que atentaram contra a administração pública. Se condenado, Henrique Alves terá que ressarcir os cofres públicos em quase R$ 5 milhões. Cunha, em R$ 20 milhões. 

Na ação, os procuradores afirmaram também que "o grupo criminoso operou um esquema ilícito na Caixa até pelo menos dezembro de 2015, sob o comando de Eduardo Cunha".

Diante da notícia de que o Ministério Público ajuizou Ação de Improbidade contra Henrique Eduardo Alves, com base em fatos investigados na Operação Sépsis, a defesa reafirma a inocência dele. De acordo com o advogado Marcelo Leal de Lima Oliveira, que representa Henrique Eduardo Alves, "a confiança de que, após o contraditório, os fatos serão esclarecidos com a sua absolvição".